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真空離心濃縮儀工作原理就是采用離心機、真空和加熱相結合的方法，在真空狀態下離心樣品，并通過超低溫的冷阱捕捉溶劑，從而將溶劑快速蒸發達到濃縮或干燥樣品的目的。真空離心濃縮儀濃縮干燥樣品的原理即是通過制造真空環境來降低溶劑沸點、使得溶劑變得容易蒸發，所以，真空泵的選擇是第①位的，選擇合適的真空泵對實驗效率、樣品活性、經費都是一個很大的影響。利用真空泵在濃縮儀內形成真空，儀器內氣壓降低，從而使樣品的溶劑沸點降低，溶劑能夠在低溫下沸騰蒸發；另外能夠在儀器腔體內增加一定的熱量，從而提高蒸發速率，但是不會對樣品的溫度產生影響，樣品自身溫度不會升高；樣品在適宜的離心轉速下會產生少量的離心力，這個離心力防止了由于樣品爆沸而產生的損失，同時也避免了由于加熱和離心引起的離心管內產生大量泡沫的現象。離心濃縮后的樣品可方便地用于各種定性和定量分析。

在后期進行生物樣本的檢測時，例如使用電泳、氣象色譜、高效液相色譜、質譜等方法，對于樣本的濃度需求較高的實驗中，都可以采用真空離心濃縮的方法獲得高濃度的樣本用于上樣。而真空離心濃縮特別適合較敏感的生物樣本，例如蛋白質、核酸等物質。因此，真空離心濃縮的主要目的是獲得高濃度的樣品而不會產生交叉污染、樣品丟失、樣品變性、樣品活性降低或氧化等問題。

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