實驗室凍干機適合少量樣品凍干實驗，可應用于細菌、病毒、血漿、血清、抗體、疫苗以及藥品、微生物、酵母、生物研究用植物提取物等的干燥。隨著真空冷凍干燥技術的不斷發展，實驗室凍干機的應用幾乎包羅萬象，諸如各種飲料、調料、快餐食品、小食品、保健食品、水產、肉蛋、食用菌、酶制劑、藻類等等。

物料的預凍是冷凍干燥過程的關鍵步驟，預凍過程的好壞直接影響冷凍干燥產品的品質。物料預凍過程基本可分為慢速冷凍、快速冷凍，用戶可根據具體需要靈活操作設備，達到物料的有效預凍。如：
1、慢速冷凍：預先準備好的物料放入冷阱，蓋好保溫蓋，打開壓縮機，預凍開始；
2、快速冷凍：先行打開壓縮機，待冷阱腔溫度下降到一定溫度，再將預先準備好的物料放入冷阱，預凍開始。
凍干機凍干操作：
1、將物料架從冷阱腔中提出，置于備用的活動硬質塑料圓盤上（均放置在冷阱腔上方），然后將有機玻璃罩罩好，若采用壓蓋裝置凍干物料，物料預凍好后迅速將物料從預凍架轉移到壓蓋裝置的擱板上，然后將壓蓋用的有機玻璃罩罩好。
2、系統運行在設備操作屏，按“真空泵”鍵，真空泵工作，按“真空計”鍵，真空度顯示，待真空度達到30Pa左右后，按“加熱”鍵啟動凍干工藝程序，干燥開始按預先設定的工藝程序運行。
注意：真空度零點已調好，用戶無需進行校正；開真空計后顯示大氣狀態為110×103～80×103Pa均為正常,無需進行調節。
建議：在凍干過程，需要查看真空度時才打開真空計，不查看時關閉真空計，這樣可延長真空計使用壽命。

凍干機凍干法基本上在0℃以下進行，即在產品凍結的狀態下進行，只在后期降低產品的殘余水份含量時，才讓產品升至0℃以上的溫度，但一般不超過40℃。在真空條件下，當水蒸汽直接升華出來后，藥物剩留在凍結時的冰架中，形成類似海綿狀疏松多孔架構，因此它干燥后體積大小幾乎不變。再次使用前，只要加入注射用水，又會立即溶解。

因此，凍干機的真空冷凍干燥技術醫藥工業有著廣泛的應用，它可以明顯提高制品的質量和檔次。西藥冷凍干燥在國內已經得到了一定的發展，很多較大型的制藥廠都有冷凍干燥設備。在中藥方面，真空冷凍干燥技術主要局限在人參、鹿茸、山藥、冬蟲夏草等少量中藥材的凍干。此外，在生物醫藥產品領域，凍干技術也有廣泛應用。

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